Le prime tracce di un reggimento collegiale della comunità di Acquanegra vengono da una conversa pergamena datata 1175,secolo la quale il pontefice Alessandro VI avrebbe concessola sindaco e al comune di Acquanegra il giuspatronato sulla chiesa abbaziale di S. Tommaso: si tratta evidentemente di un falso confezionato in anni successivi, la cui redazione peraltro getta luce sia sulla vivacità della comunità che lo commissionò, sia sulla dialettica, non sempre facile, intercorrente fra i comuni locali e i suoi consoli e l?abbazia, assai potente a livello locale. Di particolare rilievo, fra i documenti più antichi conservati nell?archivio del Comune, è l?atto che testimonia come nel 1431, a nome del comune di Acquanegra il procuratore Tommaso de Platina ricevesse da Giacomo de Cocalis e da Antonio de Manerva, procuratori della città di Brescia, l?investitura perduta della villa e del territorio di Mosio, centro eponimo della stirpe comitale dei conti di Mosio, che in più di un momento della sua storia tentò di liberarsi dalla dipendenza di Acquanegra.

La grande questione con cui la comunità di Acquanegra si confrontò lungo tutta la storia medioevale e moderna era però la gestione dei corsi d?acqua che correvano nel suo territorio e delle attività ad essi connessi.
Nel 1428 la costruzione della chiesa per convogliare l?acqua del Chiese nella seriosa che irrigava le terre di Beverara e di Acquanegra. La sua manutenzione, le opere, temporanee o permanenti, destinate in tempi diversi a regolare l?afflusso delle acque del Chiese e dei suoi diversi affluenti, naturali o artificiali, l?affitto di tali acque, l?edificazione su di esse di folli e mulini nel territorio del comune innescarono e trascinarono per secoli interminabili questioni in particolare con la veneziana Asola, mentre il controllo delle acque del tartaro generò diversi conflitti con il vicino, Ma mantovano comune di Redondesco.

I contrasti sorti con la vicina Asola, dipendente della Serenissima, in materia di acque attraversano i secoli e giungono per la loro pervicacia a divenire fonte di orgoglio e identità collettiva di Acquanegra ? ?Mementote Clusiae Volsi guardare a questo scritto come a un eco della loro voce paterna s?alza dai loro tumuli a dirci: vegliate sopra a quest ?acqua in tutta la latitudine dei diritti e degli accessori,chiosa il Castighi l?imperativo dei padri. Il motto?Mementote Clusiae? è ancor oggi scritto a caratteri cubitali in una lapide murale nell?ufficio del Sindaco di Acquanegra.

Il problema dello sfruttamento delle acque del Chiese e di tutta una fitta trama di canali e di vasi ad esso collegati prende corpo nel xvi scolo per trovar composizione solamente agli inizi di questo secolo con la celebrazione di un processo giudiziario, Acquanegra riusci? a vedere confermati i propri diritti:questa circostanza spiega la presenza di bolli e timbri su alcune pergamene, utilizzate appunto in quel procedimento.